DNASTAR Lasergene Structural Biology Suite zapewnia biologom strukturalnym bogaty zestaw narzędzi do analizy sekwencji białek, wizualizacji makromolekularnej i przewidywania struktury. Podstawą pakietu Structural Biology Suite jest aplikacja Protean 3D, który służy do badania makromolekularnej struktury, ruchu i funkcji.

Pakiet zapewnia również dostęp do produktów Nova, w tym:

• NovaFold - do przewidywania struktury białka
• NovaFold Antibody - dla przewidywania struktury przeciwciała
• NovaDock - do dokowania białko-białko

Aplikacje składowe Structural Biology Suite

Protean 3D Struktury makrocząsteczek, ruchy i funkcje		Molecular Biology Suit Zestaw narzędzi biologii molekularnej

Access to NovaFold Przewidywanie struktur białek		Acccess to NovaDock Przewidywanie interakcji białek na białka

NovaFold Antibody Przewidywanie struktur przeciwciał

 

Protean 3D

Eksploracja struktur makrocząsteczek, ruchu i funkcji

Oprogramowanie do badania makromolekularnej struktury, ruchu i funkcji. Bogate, zsynchronizowane widoki graficzne umożliwiają jednoczesną obserwację struktury molekularnej 3D, sekwencji z adnotacjami i analizy stosowanych metod predykcji, umożliwiając łatwą identyfikację i analizę elementów struktury drugorzędnej. Protean 3D zapewnia także dostęp do biblioteki Motion Library, w której można przeglądać i przeszukiwać ponad 300 animowanych i opisywanych makrocząsteczkowych zmian konformacyjnych.


 

Lasergene Molecular Biology Suite

Zestaw narzędzi biologii molekularnej

Kompleksowy pakiet oprogramowania do biologii molekularnej, spełniający wszystkie potrzeby Użytkownika w zakresie analizy sekwencji. Obsługiwane przepływy pracy obejmują wykonywanie dopasowań wielu sekwencji (multiple sequence alignment) i parami (pairwise alignment), identyfikację genów, zestawianie kontigów sekwencji Sangera, tworzenie wirtualnych klonów, projektowanie starterów i wiele innych.

Wykaz wszystkich aplikacji wchodzących w skład DNASTAR Lasergene Molecular Biology Suite znajduje się na stronie: http://softbooks.pl/dnastar/?molecular-biology-suit,9


 

Access to NovaFold

Przewidywanie struktur białek

Oprogramowanie do przewidywania struktury białek oparte na I-TASSER, wielokrotnie nagradzanym pakiecie oprogramowania opracowanym przez laboratorium profesora Yanga Zhanga z University of Michigan. NovaFold wykorzystuje algorytmy I-TASSER opracowane przez prof. Zhanga, które łączą technologie wielowątkowe i ab initio w celu budowania dokładnych, pełnych trójwymiarowych modeli atomowych białek o nieznanych dotąd strukturach.

Dostęp do NovaFold można uzyskać na kilka sposobów: w chmurze poprzez usługi NovaCloud, w chmurze jako dodatek do Protean 3D lub na lokalnym serwerze w danej organizacji.


 

Acccess to NovaDock

Przewidywanie interakcji białek na białka

Najnowsza 14 wersja Lasergene, wprowadza aplikację NovaDock. Służy ona do dokowania białko-białko o wysokiej rozdzielczości, która przewiduje interakcje atomowe między dowolnymi dwoma białkami i działa w połączeniu z aplikacją Protean 3D, aby zwizualizować wyniki.

Wystarczy podać swój ligand i pliki sekwencji receptorów, a NovaDock przewidzi trójwymiarową strukturę kompleksu makromolekularnego. Wykorzystując algorytm SwarmDock, NovaDock bada elastyczność białka podczas dokowania, co daje dokładniejsze prognozy.

NovaDock może być dostępny w chmurze za pośrednictwem NovaCloud Services na naszej stronie internetowej lub w Protean 3D lub jako aplikacja uruchamiana z poziomu wiersza poleceń w systemie Linux.

 

Access to NovaFold Antibody

Przewidywanie struktur przeciwciał

Lasergene 14 obejmuje nowy pakiet NovaFold Antibody, opracowany specjalnie do generowania modeli przeciwciał i fragmentów przeciwciał (Fv, Fab, VH, sdAb) oraz przy użyciu NovaDock, przewidywania struktury kompleksów przeciwciało-antygen. Algorytm NovaFold Antibody wykorzystuje kombinację modelowania homologii i przewidywania pętli ab initio, co daje bardzo dokładne prognozy.

Dostęp do programu NovaFold Antibody można uzyskać w chmurze poprzez usługi NovaCloud Services na stronie internetowej producenta, w Protean 3D lub jako aplikację uruchamianą z poziomu wiersza poleceń w systemie Linux.